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Issu d'une famille de la classe ouvrière, Egon Günther entame après la guerre des études de philosophie et de lettres à l'université de Leipzig (1948-1951). Se dirigeant vers une carrière d'enseignant, c'est par le biais de la mise en scène et de l'écriture scénaristique qu'il commence une carrière dans le cinéma. Il entre en 1958 aux studios de Babelsberg, qui appartiennent alors à la DEFA, société nationale de production est-allemande[3].
Portée par un goût des lettres et de la littérature germanique en particulier, la carrière d'Egon Günther est aussi marquée par les aléas du métier de cinéaste, autant en RDA qu'à l'Ouest. Spécialiste des adaptions littéraires (Thomas Mann, Goethe, Becher) réalisées dans un style intimiste, il apporte aussi un regard critique, comme dans L'Adieu⇔Les adieux(de) (1968), qui n'est pas toujours bien reçu par les autorités. Quelques-uns de ses films subissent la censure, et Quand tu seras grand, cher Adam (1965) est même interdit (ainsi que plusieurs autres films de l'année 1965).
En dépit de ces déboires, Egon Günther renoue avec le succès au début des années 1970 avec Le Troisième (1972), avec Jutta Hoffmann, puis Lotte in Weimar, qui est sélectionné à Cannes.
Malgré tout, les difficultés qu'il rencontre de nouveau dans ses réalisations suivantes, le poussent en 1978 à partir en RFA, où il travaille pour le cinéma et la télévision. Il y rencontre d'autres exigences, celles du marché, qui le frustrent autant que la censure politique[réf. nécessaire]. Il revient vivre près de Berlin seulement après la chute du mur[réf. nécessaire].