Il est responsable de la base de l'expédition une grande partie de l'année 1912 et dirige l'équipe qui retrouve la tente et les corps de Scott, Henry Robertson Bowers et Edward Adrian Wilson.
Atkinson est ensuite associé à deux controverses : celle relative aux ordres de Scott concernant l'utilisation de chiens et celle relative à l'incidence possible du scorbut dans l'équipe en route vers le pôle Sud.
Il meurt subitement le (à 47 ans) en Mer Méditerranée à bord du bateau qui le ramenait au Royaume Uni et sa dépouille est immergée en mer.
