Taaffe et le prince Auersperg, tous deux membres du Parti libéral allemand, s'opposent de plus en plus durement sur le gouvernement de l’État multinational autrichien, notamment dans le cadre des négociations relatives aux idées de l'austroslavisme. Le , Auersperg, un partisan déclaré d'un centralisme modéré, se retire à la suite de concessions à ses yeux trop larges faites au parti national tchèque, autour de František Palacký. Eduard Taaffe est alors désigné comme son successeur au poste de ministre-président d'Autriche ; néanmoins, il ne parvient pas à obtenir une majorité pour sa politique fédéraliste, et présente à l'empereur sa démission le .
Eduard Taaffe devient ensuite gouverneur de Tyrol ; en 1878, l'empereur François-Joseph lui décerne l’ordre de la Toison d’or. Du au , il est à nouveau ministre-président d'Autriche. Sous son gouvernement, le Reichsrat assouplit en 1882 les règles du suffrage censitaire, et l'Autriche suit une politique protectionniste — ces deux approches lui valent un large soutien au parlement. Certaines conditions de travail, telles que de nuit ou du post-partum font l'objet de législations particulières, et une sécurité sociale est introduite. En contrepartie, la liberté de la presse est restreinte, et le mouvement ouvrier combattu à la manière d'un État policier.
Bien qu'adversaire politique du prince héritierRodolphe d'Autriche, Taaffe eut à éviter que le drame de Mayerling qui se déroule le ne dégénère en un scandale qui aurait pu affaiblir la double monarchie. Le sort des dossiers secrets détenus par le ministre-président n'a pas encore été élucidé.
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