Docteur en philosophie, il séjourne, de 1822 à 1832, en Amérique. De 1823 à 1824, il s’occupe de plantations à Cuba puis de 1824 à 1826 en Pennsylvanie. De 1826 à 1832, il fait un voyage au Chili où il part de Valparaíso jusqu’aux Andes. Certaines régions qu'il parcourt étaient encore sous contrôle amérindien. Il rencontre les Pehuenches que les Chiliens combattaient. Il va ensuite à Callao et à Lima au Pérou où il explore certaines ruines Incas, mais le pays est en guerre avec la Colombie. Il atteint la dense forêt amazonienne et entreprend la descente sur un radeau de l’Amazone qu’il descend jusqu’à son embouchure, soit un voyage de 5 000 km. Il découvre, à son arrivée dans le port brésilien de Pará que le pays connaît un climat de révolte contre l’empereur Pierre Ier (1798-1834). Il est le troisième européen, après Francisco de Orellana (1490-1546) et Charles Marie de La Condamine (1701-1774), à avoir descendu dans toute sa longueur l’Amazone. Poeppig réalise de très importantes observations géographiques, botaniques et zoologiques et récolte ainsi 4 000 espèces végétales.
Il est professeur de zoologie, d’abord extraordinaire à partir de 1833, puis ordinaire à partir de 1845, à l’université de Leipzig où il dirige aussi le cabinet de curiosités. Ses conférences sont très courues et rencontrent un grand succès Le genrePoeppigia Bert. ex Ferussac (1830) de la famille des Verbenaceae lui a été dédié.
Œuvres
Fragmentum synopseos plantarum phanerogamarum, 1833 ;
Reise in Chile, Peru und auf dem Amazonenstrom… 1827-1832, 1834-1836 ;
Avec Stephan Ladislaus Endlicher (1804-1849), Nova genera ac species plantarum quas in regno chilensi, peruviano et in terra amazonica… 1835-1845.
(de) J.C. Poggendorff, Biographisch-Literarisches Handwörterbuch zur geschichte der exacten wissenschaften, Verlag von Johann Ambrosius Barth, Leipzig, 1863
Friedrich Ratzel, Aus Eduard Pöppig's Nachlass mit biographischer Einleitung. Dans: Mittheilungen des Vereins für Erdkunde zu Leipzig. Jahrgang 1887 (1888), p. 3–96. (grundlegend mit Quellenmaterial)
Ignaz Urban, Eduard Poeppig (1798–1868). Dans: Botanische Jahrbücher für Systematik, Pflanzengeschichte und Pflanzengeographie. Vol. 21 (1896) Heft 4 (Beiblatt Nr. 53), p. 1–27 (Mit Auszügen aus Poeppigs Briefen)
Wilfried Morawetz(de), M. Röser (dir.), Eduard Friedrich Poeppig 1798–1868. Gelehrter und Naturforscher in Südamerika. Leipzig, 1998. (einzige Monographie zu Poeppig, mit botanischem Schwerpunkt)
Lutz Mohr(de), Allein über die Anden und auf dem Amazonas. Zum Gedenken an die geographischen Leistungen des sächsischen Humanisten und Südamerikaforschers Prof. Dr. Eduard Friedrich Poeppig (1798–1868). Dans: Sächsische Heimatblätter Dresden, Jg. 27, Heft 4/1981, p. 172–178