Malgré une grave blessure au péroné contractée au cours de la saison 2002, McNabb, courageux, revient lors des play-off et atteint la finale de conférence face aux futurs vainqueurs, les Buccaneers. McNabb fait ce qu'il peut mais la défense des Bucs fait la différence.
Après de nombreux échecs en finale de conférence, les Eagles atteignent enfin le Super Bowl (avec l'arrivée de Terrell Owens) en 2005 face aux Patriots. Mais Tom Brady est sur un nuage et les Eagles échouent à 3 points, 24-21. McNabb et Terrell Owens se sont disputés, et Owens est parti en .
Lors de la saison saison NFL 2004, il a réussi 3 875 yards à la passe, avec 31 lancers qui ont abouti à des touchdowns et il n’a eu que 8 interceptions. Ses statistiques furent moins bonnes en 2005 car il n'a disputé que 9 matchs de NFL, étant blessé pendant une partie de la saison.
Il subit ensuite une traversée du désert entre blessures et erreurs mais revient en 2008 lorsque les Eagles atteignent la finale de conférence face à Arizona mais échoue une nouvelle fois aux portes du Super Bowl.
Le , Donovan McNabb est échangé au Redskins de Washington. En retour, les Eagles reçoivent des choix de deuxième ronde (37e au total) au repêchage de 2010 ainsi qu'un choix de troisième ou quatrième ronde en 2011 selon certaines conditions.
Après une saison passée aux Redskins de Washington, Donovan McNabb est échangé aux Vikings du Minnesota. En retour, les Redskins reçoivent les choix du sixième ronde au repêchage de 2012 ainsi que celui de 2013. Il n'est finalement pas non plus gardé par ceux-ci à la fin de la saison, et il prend sa retraite après n'avoir pas pu retrouver d'équipe.
