Dans un pays magique, dans un cottage anglais dans la forêt, vit le vieux docteur Snuggles, un gentil bienfaiteur ami des animaux. Il passe la plupart de son temps à inventer des choses : un robot ménager (Mathilda), un mobile à vers, une machine pour restaurer les couleurs de l'arc-en-ciel, un gadget pour lutter contre la dépression, une lotion ignifuge et une machine à remonter le temps, entre autres inventions. Il se déplace à travers le pays très rapidement grâce à un parapluie parlant et un vaisseau spatial en bois. Le docteur Snuggles doit également faire face aux pouvoirs malveillants du magicien fou, le professeur Émeraude, qui est son ennemi juré.
Dans le monde bizarre de Doctor Snuggles, presque tous les objets et animaux sont animés, comme la grange, le blaireau Dennis, le grignoteur de souris, la rivière effrayante ou le robot Mathilde. Tous ont une forte personnalité et des caractéristiques humaines attachantes...