Depuis 1966, le Conseil s'est doté d'un secrétariat administratif permanent situé à Abidjan, en Côte d'Ivoire. Un fonds d'entraide et de garantie des emprunts permet de soutenir les membres les plus défavorisés.
Les bâtiments sont construits entre 1960 et 1966 à Ouagadougou (Burkina Faso), Niamey (Niger) et Cotonou (actuel Bénin) afin de créer des représentations locales. L'architecte des trois représentations est René Faublée. Le bâtiment du Conseil de l'entente à Ouagadougou est actuellement abandonné. Il a été le lieu de l'assassinat de Thomas Sankara. Un projet de transformation en site de commémoration est en cours.
Laurent Bado, Le contrôle juridictionnel de l'administration dans les États du Conseil de l'Entente, 1981 (thèse de 3e cycle de l’Université de Bordeaux I)
Denis Fadda, La Coopération au sein du Conseil de l'Entente 1971, 91 p. (mémoire de l’Université de Paris X)
Marthe Gravier, Les États du Conseil de l'Entente, 1963, 185 p. (thèse de l’Université de Paris)
Rose Hontcheu Noumowe, Stratégies de développement des pays candidats au processus d'intégration économique en Afrique noire : une application aux États membres du Conseil de l'Entente, 1981 (thèse de l'Université d'Aix-Marseille II)
Michel Kafando, Les États du Conseil de l'Entente (Bénin, Burkina Faso, Côte d'Ivoire, Niger, Togo) et les pays de l'Est : de l'hostilité idéologique à l'ouverture diplomatique (1960-1990), 1990 (thèse de Université de Paris I)
Adonit Gaetan Manouan, L'Évolution du Conseil de l'Entente, 1974, 262 p. (thèse de l'Université de Paris I)
Amoussa H. Océni, La protection des forêts et de la faune en Afrique francophone : le cas du Bénin et des autres pays du Conseil de l'Entente, 1989, 492 p. (thèse de l’Université de Bordeaux I)
Lambert Yameogo, Les Groupements régionaux africains : le Conseil de l'Entente, l'OCAMM (Organisation commune africaine malgache et mauricienne), obstacles ou possibilités à la réalisation de l'unité africaine ?, 1979 (thèse de l'Université de Paris IV)