Aussi, à la suite de ce désaveu de l'exécutif de la part de la Cour suprême, le Congrès américain vota le 28 et le Military Commission Act de 2006 afin de renverser la décision de la Cour. Cette loi crée, de façon législative (et non plus par un simple décret présidentiel), le statut de « combattant ennemi illégal », ce qui ne donne ni droit aux protections accordées par les conventions de Genève, ni droit à un procès ordinaire pour les droits communs.
Mais la loi de 2006 fut à nouveau contesté par la Cour suprême, lors de Boumediene v. Bush (), celle-ci considérant qu'elle ne garantissait pas suffisamment l'habeas corpus[3],[4].
Le , premier jour de son mandat, le nouveau président Barack Obama décréta un ordre exécutif demandant au secrétaire à la Défense de prendre immédiatement les mesures nécessaires afin qu'aucune accusation supplémentaire ne soit portée contre les accusés, et demandant aussi la suspension immédiate du travail des commissions militaires lorsqu'aucun jugement n'avait encore été rendu[5]. Les jugements, y compris des personnes accusées dans le cadre des enquêtes sur les attaques du 11 septembre 2001, devaient être suspendus pour une durée de 120 jours[6].
Néanmoins, James Pohl, le juge militaire chargé du procès Al-Nashiri, refusa de se soumettre aux directives de l'administration Obama en ce qui concerne le procès d'Abd al-Rahim al-Nashiri, accusé d'avoir organisé l'attentat de 2000 contre l'USS Cole, au Yémen[8]. Capturé fin 2002, Al-Nashiri fut transféré, en dehors de tout cadre judiciaire, au centre de détention de Guantanamo fin 2006, puis accusé en par une commission militaire[9],[8]. Cependant, Susan Crawford, la magistrate chargée de superviser les juridictions militaires de Guantanamo, a finalement décidé de suspendre les charges pesant contre lui, « sans préjudice » (c'est-à-dire qu'elles pourront être reprises), interrompant ainsi la procédure comme le demandait le président Obama[2].
