Clémentine Margaine commence sa carrière en jouant le rôle de Rosette dans l'opéra Manon, en à Vichy. Elle poursuit par le rôle de Mercédès dans Carmen, en février et , à Nancy[2]. La même année, elle est nommée « Révélation artiste lyrique de l'année » aux Victoires de la musique classique. Elle intègre ensuite la troupe du Deutsche Oper de Berlin, pour la saison 2011-2012[1]. Sa carrière internationale se poursuit notamment à l'opéra de Dallas[3], où elle tient le rôle-titre de Carmen, en octobre et [2].
En , elle incarne Carmen aux côtés de Roberto Alagna à l'Opéra de Paris dans la mise en scène controversée[4] de Calixto Bieito, créé en 1999[5]. Parmi les moments marquants de la saison 2018/2019 on pouvait noter Carmen au Metropolitan Opera et Royal Opera House, Dulcinée de Don Quichotte au Deutsch Oper Berlin. De sa Dulcinée, Festspiele Forum écrivait : « Clémentine Margaine était également formidable avec sa voix riche et noire, équilibrée dans toute la tessiture. Elle maitrise toutes les difficultés du rôle »[6].
Son récital de mélodies espagnoles, en à Paris, est salué par la presse : « Ainsi va le mezzo-soprano de Clémentine Margaine, puissant, capiteux, enivrant comme un Ribera del Duero à l’alcoolmétrie élevée, dense, trapu et parfois brillant lorsque l’écriture musicale l’éclaire d’une lumière favorable. »[7]