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Le Club Balonmano Ciudad de Logroño est fondé en 2003 dans la ville de Logroño en Espagne, le but étant de promouvoir le handball dans cette région par la volonté d'anciens handballeurs. En 2006, le club accède à la Liga ASOBAL.
Puis en 2007, à la suite d'un changement de sponsor, le club est rebaptisé Naturhouse La Rioja.
Les saisons passées en Liga ASOBAL sont tout d'abord difficiles pour le club, notamment sa première saison parmi l'élite en 2006-2007 où le club évite de justesse la relégation en terminant à la quatorzième place. Par contre, la saison 2007-2008 se solde sur une honnête douzième place. Et c'est finalement année par année que le Naturhouse La Rioja monte en puissance puisqu'en 2008-2009, le club se qualifie pour sa première coupe d’Europe grâce à une septième place en championnat, ainsi que pour la saison 2009-2010 grâce à cette fois une sixième place.
La progression est arrêtée avec la saison 2010-2011 où le club termine à la neuvième place, puis de nouveau à la septième place la saison suivante.
C'est en 2009 que le Naturhouse La Rioja a commencé son parcours européen[2]. En Coupe de l'EHF, il élimine le club serbe de l'Étoile rouge de Belgrade (30-30 à Belgrade et 33-26), puis les Islandais de Haukar Hafnarfjörður (34-24; 23-24) en huitième de finale. En quart de finale, le Naturhouse La Rioja tombe sur le Dunkerque HBGL, qu'il élimine également après un match nul 33-33 à Dunkerque et une victoire 30-24 à Logroño. En demi-finale, le club affronte les Allemands du TBV Lemgo : après une victoire 30-25 lors du match aller à Logroño, les Allemands s'imposent nettement 34-26 au match retour, mettant fin à une superbe première campagne européenne.
La saison suivante[3], le club participe de nouveau à la Coupe de l'EHF et atteint également les demi-finales, s'inclinant face à un autre club allemand, Frisch Auf Göppingen, ne pouvant rattraper au match retour les neuf buts de retard concédés au match aller (23-32 ; 32-29).
En 2012-2013, le club retrouve l'Europe, toujours en Coupe de l'EHF[4]. Le club termine deuxième de sa phase de groupe derrière les Allemands de Frisch Auf Göppingen et devant les Slovènes de RK Cimos Koper, quart de finaliste de la Ligue des champions la saison précédente. Cependant, un règlement de l'EHF envoie directement le HBC Nantes en demi-finale en tant qu'organisateur du Final Four de la compétition. Ainsi, seuls six clubs sont qualifiés pour les quarts de finale et Naturhouse La Rioja, ne faisant pas partie des meilleurs deuxièmes, est éliminé.
En 2016 et 2017, le club participe également à la Ligue des champions mais cette fois en poule basse, le club étant à chaque fois éliminé en demi-finales de qualification.
