Il étudie d'abord le violon à Weimar et à Leipzig avant de se tourner vers la direction d'orchestre qu'il apprend avec Rolf Reuter, Rafael Kubelik et Kurt Sanderling.
Il est actuellement principal chef invité de l'Orchestre symphonique de l'Ouest de l'Australie à Perth, où il a dirigé le Te Deum d'Hector Berlioz au Perth Concert Hall.
Reconnu pour sa maîtrise du répertoire symphonique allemand et autrichien, Claus Peter Flor a enregistré de nombreux albums. Avec l'Orchestre symphonique de Bamberg, il a enregistré une intégrale des œuvres symphoniques de Felix Mendelssohn qui reste aujourd'hui encore une référence.
