Il commence sa carrière en tant que milieu de terrain en 1983 à Revel puis il connait des passages en National 1 à l'AS Muret entre 1990 et 1995, jouant avec Éric Carrière, Dominique Casagrande et Dominique Armand[1], avant de rejoindre pour une saison le club de Carcassonne. En fin de carrière, il revient évoluer sous les couleurs de Revel.
En tant qu'entraîneur
Il commence sa carrière d'entraîneur là où il a terminé sa carrière de joueur à Revel. Il parvient à faire monter le club en CFA 2 en 2001. En juillet 2006, il obtient le BEES 2e degré[2]. Après six saisons à Revel, il part entraîner l'AS Muret lors de la saison 2006-2007. En 2007-2008, il signe en faveur du club ariégeois de Luzenac alors en CFA. Avec ce club, il réussit la montée en National à l'issue de la saison 2008-2009. Christophe stabilise le club en National avec un budget très limité et lors de la saison 2013-2014, à la surprise générale, il permet à Luzenac de terminer deuxième du championnat et ainsi d'accéder à la Ligue 2. Cependant, pour des raisons extra-sportives, le club ariégeois n'est pas autorisé à monter et est rétrogradé en Division d'Honneur Régionale Midi-Pyrénées[3],[4]. Dix ans plus tard, il s'épanche dans une interview sur cette décision en déclarant qu'elle « a tué les sportifs dans l'âme que nous sommes »[5].
Il quitte le club et s'engage avec l'Amiens SC en remplacement de Samuel Michel sur le banc amiénois avec pour objectif la remontée en Ligue 2 du club picard. Pélissier s'impose avec brio à l'Amiens SC. En effet, le 3 juin 2016, à l'issue de la victoire contre Belfort à domicile (1-0), le club retrouve la Ligue 2 qu'il avait quittée quelques années auparavant, mettant fin à sa traversée du désert. L'entraîneur amiénois entend alors attaquer la saison suivante avec les mêmes ingrédients que ceux qui ont fait la réussite de l'équipe. C'est ainsi que l'Amiens SC écrit la plus belle page de son histoire en atteignant la 2e place du championnat de Ligue 2 2016-2017, synonyme de montée. Pélissier réalise ce qu'aucun entraîneur amiénois n'avait jamais réussi : amener le club en Ligue 1. C'est la troisième montée consécutive en tant qu'entraîneur pour « Pélissier le magicien », dont les qualités sont unanimement reconnues. Ne pouvant compter que sur le 17e budget de Ligue 2, et sur des joueurs que France Football n'hésite pas à qualifier de « chèvres » dans un article[6]. Pélissier construit et se repose sur un véritable esprit de groupe, un collectif un et indivisible plutôt que sur des individualités. Dans un entretien accordé au magazine So Foot, il résume sa philosophie : « Mon objectif numéro un, c’est donner une identité, une mentalité collective à ce groupe de joueurs, au staff. Un état d’esprit qui nous permet d’avancer ensemble vers le même objectif ».
Le 28 mai 2019, l'Amiens SC confirme que Christophe Pelissier n'est plus l’entraîneur du club[7],[8].
Le 29 mai 2019, Christophe Pelissier devient l’entraîneur du FC Lorient pour 3 ans[9],[10].
Lors de la saison 2019-2020, le FC Lorient est sacré champion de Ligue 2 et remonte en Ligue 1 trois ans après l'avoir quittée.
Après deux maintiens d'affilée en Ligue 1, le club breton annonce son départ[11].
Le 26 octobre 2022, l'AJ Auxerre confirme qu'il devient le nouveau entraineur et signe pour deux ans[12]. Le club finira relégué à l'issue du championnat.
Le 18 mai 2024, l'AJ Auxerre remporte la Ligue 2 et évoluera en Ligue 1 la saison suivante.
Statistiques d'entraîneur
Statistiques d'entraîneur de Christophe Pélissier au 24 novembre 2024[13]