Après sa carrière de joueur, De Taddeo commence une carrière d'entraîneur. Il prend en charge les équipes de jeunes de l'AS Clouange jusqu'en 1986, date à laquelle il intègre l'équipe technique du FC Metz[1]. Pendant dix ans, il entraîne des équipes de jeunes au sein du club lorrain.
Après la relégation du club en Ligue 2 et alors qu'il vient d'obtenir le DEPF, il se voit confier l'équipe première au début de la saison 2006-2007[1], et lui fait retrouver la Ligue 1 dès sa première saison, et ce après seulement 32 journées[6],[7]. Pour sa première saison à la tête d'une équipe professionnelle, il est élu meilleur entraîneur de Ligue 2 par ses pairs[8].
Son contrat est prolongé pendant l'intersaison jusqu'en 2010[9]. Il est cependant remercié par le président Carlo Molinari à la fin du mois de décembre 2007, après 21 ans au club, alors que l'équipe messine est dernière et largement distancée[10],[2].
À l'été 2008, Francis De Taddeo est nommé à la tête du centre de formation de l'AJ Auxerre, où il a rejoint un autre ancien entraîneur du FC Metz, Jean Fernandez[2]. En 2011, son contrat de « délégué général à la formation » n'est pas renouvelé[11].
En mai 2012, il est nommé entraîneur de l'Amiens SC, avec pour objectif de faire remonter le club en Ligue 2[12], ce qu'il ne parvient pas à réaliser. Le 15 septembre 2013, il est limogé après un début de saison 2013-2014 très difficile, marqué par quatre défaites en sept matchs de championnat[13].
Le 12 mai 2015, il est nommé à la tête du centre de formation du SM Caen, avec lequel il signe un contrat de trois ans[14]. Son rôle est de réaliser la politique de formation régionale annoncée par les dirigeants du club[15].
