Christian Gajan est membre de l'équipe d'entraîneurs du Stade toulousain jusqu'en 1993 et la victoire du club dans le challenge Yves du Manoir[1]. Il rejoint alors le Stade Rodez Aveyron puis le Castres olympique qu'il entraîne pendant deux saisons de 1996 à 1998[1]. Il part ensuite en Italie où il entraîne le Benetton Rugby Trévise (champion d'Italie) jusqu'en 2000 et son retour dans l'encadrement du Stade toulousain avec qui il remporte le championnat en 2001[1],[2]. Il retourne entraîner le Castres olympique avec qui il remporte le challenge Sud Radio et le Bouclier européen en 2003[3]. Il entraîne par la suite pendant deux saisons le club japonais Sanix Blues de Fukuoka avec l'ancien treiziste devenu préparateur physique -et spécialiste de la défense- Jean-Luc Albert comme adjoints, et où il recrute l'ancien n°8 toulousain Isitolo Maka.
Sans club depuis 6 mois, sur recommandation du sélectionneur national de l'Italie de l'époque Jacques Brunel, Christian Gajan -qui parle couramment l'italien- est nommé en juillet 2012 directeur technique de la nouvelle franchise italienne des Zebres, entraînée par Alessandro Troncon et Vincenzo Troiani, basée à Parme. Il n'est pas reconduit dans ses fonctions en mai 2013.
Le 6 janvier 2014, il est nommé manager sportif du club de Carcassonne évoluant en Pro-D2 en succédant à Christian Labit[5]. Alors que son contrat courait jusqu'en juin, il est démis de ses fonctions en mars 2016 à cause des résultats et du comportement décevants de son équipe[6]. Il rejoint Cahors rugby pour la saison suivante.
