Né à Camden, dans le New Jersey, Charles Harbutt a grandi dans la petite ville de Teaneck, dans le comté de Bergen. Il y a découvert la photographie et s'y est initié en fréquentant le club de photographie amateur local. Il a ensuite poursuivi des études à l'université Marquette[1].
Le travail de Charles Harbutt, souvent intrinsèquement politique et marqué par des préoccupations sociales et économiques, est profondément enraciné dans la tradition du photojournalisme moderne. Pendant les vingt premières années de sa carrière, il a collaboré avec un certain nombre de grands magazines aux États-Unis, en Europe et au Japon.
En 1959, à la suite de la publication de trois de ses photographies dans la revue Modern Photography, il est invité par les membres de la guérillacastriste à documenter de l'intérieur la lutte pour la libération de Cuba. Il entre à La Havane deux jours avant Fidel Castro et ses guérilleros, et est ainsi le témoin privilégié des premiers jours de la Révolution cubaine.
Harbutt rejoint Magnum Photos à cette période. Il en a été élu président à deux reprises, la première fois en 1979. Il quitte Magnum en 1981, expliquant qu'il ne se sentait plus en accord avec les ambitions de plus en plus commerciales de l'agence et qu'il souhaitait poursuivre un travail plus personnel.
Il est, par ailleurs, l'un des membres fondateurs de Archive Pictures Inc., une coopérative internationale réunissant des photographes documentaires, et il est également membre de l' American Society of Magazine Photographers.