En 1171, l'évêque de Cracovie, Gedeon, fait édifier une petite église de style roman. Selon l'historien Jan Długosz, le sanctuaire comporte deux tours adjacentes.
En 1260, la collégiale est détruite par les Tatars.
En 1719, Kazimierz Lubienski(pl), évêque de Cracovie, ordonne la démolition des deux tours médiévales et engage une rénovation de l'église.
Le , a lieu la célébration solennelle du 800e anniversaire de l'édifice qui reçoit le titre honorifique de basilique mineure.
La cathédrale est un sanctuaire de Notre-Dame des Grâces (Matka Boża Łaskawa).
L'icône de la Bienheureuse Vierge Marie a été couronnée en 1636, mais la robe en argent-or ainsi que de nombreuses offrandes votives, laissées en action de grâce, ont été volées. Il fut de nouveau couronné en 1872.
