La commune de Canejan se situe au nord du Val d'Aran, en vallée du Toran, sur la rive droite de la Garonne. Elle est limitrophe au nord de la frontière française. Elle comprend les villages et hameaux de Bordius, Campespin, Cassenhau, Moron et Era Mòla, Porcingles, Eth Pradet, Sant Joan de Toran, la plupart inhabités ou occupés seulement en période estivale.
C'est une commune d'altitude, avec 906 mètres en moyenne, située au cœur des Pyrénées.
Communes limitrophes
Du nord-ouest à l'est en passant par le sud, Canejan est limitrophe de cinq autres municipalités aranaises. Au nord et au nord-est, elle est limitrophe de trois communes françaises des départements de la Haute-Garonne et de l'Ariège. Le pic de Crabère (ou tuc de Crabèra) matérialise un tripoint.
↑« Etude bibliographique des mines de zinc et plomb de Sentein et Bulard (Ariège) en appui aux études archéologiques des concessions minières orphelines : reconnaissance, potentiel minier et géologie », http://infoterre.brgm.fr, (lire en ligne)