La première référence à Bubeneč, auparavant nommé Ovenec, date de 1197. C'est le que la commune de Bubeneč obtient le statut de ville et son propose blason.
L'origine du nom actuel Bubeneč n'est pas certaine. On a proposé la prononciation allemande (Bubentsch) du tchèque Vovenec ou une dérivation du nom d'une commune proche Bubny.
Bubeneč est rattachée à Prague le selon la loi 114/1920 Sb sur l'extension de Prague.