« Botrychium » vient du grec « botrus », grappe (allusion à l'aspect des fructifications). L'épithète « multifidum », signifiant "à feuilles multifides" fait allusion au caractère très découpé des feuilles stériles. Le nom vernaculaire "Botryche à feuille de Rue" vient de l'ancien nom Botrychium rutaefolium, les feuilles rappelant celles de la Rue officinale
Ce taxon est protégé au niveau international par la Convention de Berne en Annexe I[1]. En France, il est également protégé au niveau national en Article 1[2].
