La ville fut fondée par les Grecs sous le nom d’Halicarnasse. Port bordé par le golfe de Cos (mer Égée), elle compte officiellement un peu plus de 88 000 habitants (en pratique plusieurs centaines de milliers en été). Elle devint à partir des années 1960 un centre touristique grâce aux efforts de l'écrivain Cevat Şakir.
Aujourd'hui, il s'agit d'une station balnéaire touristique très fréquentée et particulièrement prisée par la bourgeoisie d'Istanbul et les touristes étrangers. Bodrum est en outre l'escale de nombreuses croisières. On[Qui ?] l'appelle parfois le « Saint-Tropez turc ». La ville est active et animée que ce soit le jour ou la nuit. Au plus haut de la période estivale, la population de l'agglomération est multipliée par six ou sept et dépasse parfois le demi-million d'habitants.
Au XIVe siècle, la destruction du mausolée fut achevée par un tremblement de terre.
En 1402, l'empire ottoman fut désorganisé par les attaques de Tamerlan, en particulier à la suite de la défaite d'Ankara. Les Hospitaliers de l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem en profitèrent pour construire un robuste château-fort, auquel ils donnèrent le nom de saint Pierre, à partir des matériaux du mausolée. Durant plus d'un siècle ils ne cessèrent d'améliorer les défenses du site. Le château fut assiégé vainement en 1453 et 1480
En 1522, les Ottomans, sous la direction du sultan Soliman le Magnifique, entrèrent dans Rhodes au terme d'un siège de six mois. Le sultan, sensible à l'austérité de vie des « moines soldats », et au courage qu'ils avaient manifesté durant le siège sous la direction de leur grand maître, Philippe Villiers de l'Isle-Adam, les laissa quitter Rhodes en toute liberté (1er janvier 1522) après s'être fait remettre toutes les possessions de l'Ordre des Hospitaliers dans le Dodécanèse, ainsi que le château Saint-Pierre. Le village de Bodrum se développa ensuite grâce au commerce des éponges.
Le nom de Saint-Pierre, Petreum en latin, sera déformé en Bodrum par les Turcs[1].
La première mention des chantiers navals date de 1727, mais c'est en 1770, après la destruction de la flotte ottomane dans le port de Çeşme, que les chantiers furent agrandis. Un décret impérial imposa en effet la construction d'une nouvelle flotte. La difficulté à maintenir un approvisionnement en bois précipita le déclin de ces chantiers, déclin scellé par un décret de 1833 qui interdit la construction de grands navires à Bodrum.
XIXe et XXe siècles
En 1824, la ville servit de base arrière à l'armée turque durant la révolte grecque : le château servit de garnison, les chantiers navals furent fortifiés.
Le château fut utilisé comme prison entre 1895 et 1915, mais abandonné à la suite du bombardement par le cuirassé français Duplex en mai 1915 qui endommagea sérieusement l'édifice. Il fut restauré entre 1960 et 1964 ; il abrite aujourd'hui un musée d'archéologie sous-marine.
En 1925, l'écrivain Cevat Sakir, exilé à Bodrum, prit goût à la ville. Il ne ménagea pas ses efforts pour développer le tourisme, allant jusqu'à prendre le surnom de Pêcheur d'Halicarnasse.