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Fils du peintre Jean-François Comment, il s'est formé à Genève chez Jean Starobinski. En 1986, il s'installe en Toscane où pendant quatre ans il enseigne à l'Université de Pise et travaille comme chroniqueur sportif. Dans les années 1980, Bernard Comment est secrétaire de la Fédération suisse des joueurs de football. Il donne des cours de français aux techniciens en micro-technique à Genève, avant de passer trois ans comme chercheur à Paris à l'École des hautes études en sciences sociales. Établi à Paris, il publie son premier roman en 1990. De 1993 à 1994, il bénéficie d'un séjour d'un an à la Villa Médicis, séjour qui lui inspire un pamphlet contre ce type de pension d'État.
Il co-écrit avec Alain Tanner le scénario des films Fourbi (1996), Requiem (1998) Jonas et Lila, à demain (1999), Paul s'en va (2004), et conçoit, en 1998, avec Bertrand Theubet, réalisateur à la TSR, Le pied dans la fourmilière, inspiré d'une de ses nouvelles.
Il a traduit en français plusieurs livres d'Antonio Tabucchi, dont Pereira prétend en 1995, Tristano meurt en 2004.
Herbert Huncke (trad. de l'anglais par Héloïse Esquié, préf. William S. Burroughs et Bernard Comment), Coupable de tout [« The Herbert Huncke Reader »], Paris, Éditions du Seuil, coll. « Fiction & Cie », , 480 p. (ISBN978-2-02-099007-3).