Fils du peintre Ercole Gennari et de Lucia Barbieri sœur du Guerchin, Benedetto Gennari se forme à l'atelier de son oncle. Il est le frère de Cesare Gennari (1637-1688).
Il part ensuite se perfectionner à Bologne grâce à la renommée de l'atelier familial et à l'aide du Guerchin qui l'introduit dans le réseau du commissionnement des œuvres aristocratiques et ecclésiastiques.
En 1672, il rejoint Paris et à la cour de Louis XIV se fait remarquer par son adresse dans les portraits et les tableaux mythologiques.
Il travaille en Angleterre de 1674 à 1688 et où il est peintre de Charles II puis de son successeur Jacques II.
Après le bref règne de Jacques II et de Marie-Béatrice (1685-1688), le peintre suit ses protecteurs dans leur exil de Saint-Germain-en-Laye, la cour catholique, en 1689.
Il retourne en Italie en 1692, et se consacre à la peinture de retables. Son adresse dans les portraits lui attire toujours de nombreuses commandes, ainsi que sa renommée de peintre de cour.