En 1941, le Crédit foncier de Madagascar devient le « Crédit foncier de Madagascar et de la Réunion » à la suite de la reprise de la banque par la Banque nationale pour le commerce et l'industrie. Elle devient en 1954 la BNCI-OI puis, en 1974, la Banque pour le commerce et l'industrie de Madagascar et lance en 1977 un plan de développement à moyen terme[2].
Appartenant à l'État depuis 1960, la BCIM prend en 1990, le nom de BNI et devient l'année suivante une entreprise privée dont 51% des actions seront cédées au Crédit lyonnais[2].
À la suite du rachat de ce dernier par le Crédit agricole, la BNI apparaît, en 2006, avec les couleurs de la « Banque verte ». En 2014, les 51 % appartenant au Crédit agricole furent rachetées par deux groupes de premier ordre de l'océan Indien, le groupe mauricien Ciel et le groupe malgache Axian[2],[3]. Ces deux organisations lancent en 2009, un second plan de développement à moyen terme.
L'année suivante, des centres d'affaires, comme l'Espace Zénith à Antananarivo, sont créées. En 2018, la BNI inaugure à Mahajanga la première Agence Verte du pays (fonctionnant à 100 % grâce à l'énergie solaire)[4].
En 2019, la BNI crée KRED, la première marque de microfinance entièrement digitale dédiée aux PME et TPE en Afrique. L'objectif est de promouvoir l’entrepreneuriat sur la Grande Île et renforcer les filières économiques encore sous exploitées pour créer des emplois[5].
↑e SE de Tananarive, « Un secteur bancaire malgache solide, bien qu’insuffisamment
développé », La Lettre de services économiques de l'Afrique de l'est et de l'Océan Indien, no 8, (lire en ligne, consulté le )