Augustin Jordan devient le collaborateur de Louis Joxe au Centre d'études de politique étrangère et de Pierre Brossolette à L'Europe nouvelle de 1934 à 1937. Fin 1937, il part pour le Maroc pour assumer les fonctions de secrétaire général du Comité central des industriels. Mobilisé en 1939, il participe à la campagne des Ardennes. Démobilisé, il retourne au Maroc d'où il rejoint, via Tanger et Gibraltar, les Forces françaises libres à Londres en . Il travaille aux services civils de Carlton Gardens. En mai 1941, il est affecté à la 1re brigade FFL et participe à la campagne de Syrie en . En , il fait partie d'une unité qui est intégrée au Special Air Service (SAS) britannique. Les SAS français deviennent le French Squadron et ils se distinguent par des raids importants sur les arrières ennemis et sur les aérodromes allemands en Crète et en Libye. En , après la capture de leur commandant Georges Bergé, c'est sous les ordres d'Augustin Jordan que les SAS français opèrent en Cyrénaïque, détruisant au sol de nombreux appareils allemands et des dépôts de munitions. Commandant de la 2e CIA, il est fait prisonnier le au cours d'un raid en Tunisie et est emprisonné dans le château de Colditz, où il retrouve Bergé. Il sera fait compagnon de la Libération par décret du .
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