Le vicariat apostolique de Samarinda est créé le par démembrement du vicariat apostolique de Bandjarmasin. Il est transformé en diocèse lors de la réorganisation de l'Église en Indonésie le . Le , son territoire est divisé pour créer le diocèse de Tanjung Selor et le , il est élevé au rang d'archidiocèse métropolitain avec pour suffragants les diocèses de Banjarmasin, Palangkaraya et Tanjung Selor.
Depuis sa création, le vicariat apostolique puis le diocèse et l'archidiocèse ont toujours été placés sous la juridiction d'évêques issus de la congrégation des Missionnaires de la Sainte-Famille (M.S.F).
