Elle écrit Les Compagnes des héros de B.D. dans la collection « Logiques sociales » aux Éditions L'Harmattan en 1994. Cette étude est encore considérée par Chris Reyns-Chikuma de l'Université de l'Alberta en 2016, comme la plus complète sur les représentations de femmes dans la BD francophone des années 1940-60[2].
En 1998, elle livre une tribune Créatrice de BD : le péché originel ? Autopsie d’un malaise dans Préambulle no 34, le bulletin d’information du Centre belge de la bande dessinée[6].
Parallèlement, elle écrit des nouvelles publiées dans des fanzines telles Les Pigeons (1997), C'est l'heure, Galurin (1998), Bruxelliande (1999)[7].
Annie Pilloy s'intéresse notamment à la présence des femmes dans les métiers de la bande dessinée et contribue à la mettre en lumière à travers ses écrits. Son travail s'inscrit généralement dans l'histoire des femmes et plus particulièrement dans celle des femmes dans l'art.
Publications
Essais
Petite Visite guidée au pays des femmes et des bulles, sous la direction de Jean-Louis Tilleuil, Images, imaginaires du féminin, E.M.E. 2003 (actes du colloque organisé dans le cadre des manifestations « Femmes d’images, images de femmes – 5-11/12/1998)
Ahmad Aminian (dir.) et Annie Pilloy (dir.), La Violence de l'un est-elle la violence de l'autre ?[10] : multiculturalité et violence : quels ressentis et expressions ?, Bruxelles, Vie ouvrière, (ISBN2-87003-373-7)
« Questions d’âges, Bande dessinée une infime fraction de la réalité », Espace de Libertés, no 283, , p. 14-15
Bulles en sandwich[11] : diversification des classes d'âge et des générations dans le monde de la BD, vers des interactions ?, Communauté française de Belgique, direction générale de la culture et de la communication, service de l'éducation permanente,
collaboration au numéro spécial centième anniversaire de la BD de Macadam Journal, dossier sur les femmes dans la BD (femmes de papier et femmes créatrices, historique et état actuel de la question), .
↑Chris Reyns-Chikuma, « De Bécassine à Yoko Tsuno: Réflexions sur les stéréotypes, les oublis et la renaissance de quelques héroïnes créées par des auteurs masculins. », Alternative francophone, Université de l'Alberta, (lire en ligne [PDF], consulté le ).