Alphonso a été l'un des premiers musiciens à présenter le Chapman Stick au public. En 1977, sa connaissance de l'instrument ainsi que son talent et sa virtuosité lui ont valu une répétition avec Genesis, qui cherchait un remplaçant pour le guitariste Steve Hackett qui venait juste de les quitter. Malgré le fait qu'il joue aussi la guitare sur ses albums solo par exemple, Alphonso a décliné l'offre du groupe et a plutôt recommandé le guitariste Daryl Stuermer, avec qui il a joué sur l'album Liberated Fantasies de George Duke en 1976. Alphonso est l'un des deux bassistes (l'autre est John Giblin) du premier album solo de Phil Collins, Face Value en 1981, il a ainsi croisé Daryl Stuermer sur ce disque.
Alphonso Johnson a également enregistré quatre albums solo entre 1976 et 2018 dans lesquels il joue du Chapman Stick, de la contrebasse et de la basse électrique ainsi que de la guitare . Son jeu extrêmement complet en a fait un musicien très en demande, tout au long des années qui ont suivi son départ de Weather Report. On le retrouva notamment avec Allan Holdsworth, Billy Cobham et George Duke en 1976, Santana de 1985 à 1990, Wayne Shorter en 1987 pour Phantom Navigator et Steve Hackett sur son album Genesis Revisited en 1996. Puis le groupe Jazz Is Dead entre 1998 et 2001 avec lesquels il a publié trois albums, le batteur Billy Cobham joue sur le premier Blue Light Rain sorti en 1998. En 2000, Alphonso a aussi rejoint le groupe The Other Ones avec d'ex-membres de Grateful Dead, Bob Weir et Mickey Hart.
Équipement
Basses électrique
Lobue Custom
Warwick Alphonso Johnson Custom Shop
Warwick Infinity
Vigier Arpege fretless 5 cordes
Modulus Quantum Basses frettées et fretless 5 cordes