Alfred Yego obtient le plus grand succès de sa jeune carrière lors de la saison 2007 à l'occasion des Championnats du monde d'Osaka. Il remporte la finale du 800 mètres en 1 min 47 s 09[2], devançant d'un centième de seconde le Canadien Gary Reed et de trente centièmes le Russe Yuriy Borzakovskiy. Il devient à cette occasion le troisième athlète kényan titré sur la distance après Billy Konchellah (1987 et 1991) et Paul Ruto (1993).
Figurant parmi les favoris des Jeux olympiques de 2008, à Pékin, le natif d'Eldoret décroche finalement la médaille de bronze, derrière Wilfred Bungei et Ismail Ahmed Ismail, dans le temps de 1 min 44 s 82[3]. Il remporte en toute fin de saison 2008 à Stuttgart la Finale mondiale du 800 mètres[4].
Le , lors des Championnats du monde de Berlin, Yego se classe deuxième de la finale du 800 m, derrière le Sud-africain Mbulaeni Mulaudzi. Il établit quelques jours plus tard lors du meeting de Rieti la performance de 1 min 42 s 67, nouveau record personnel et deuxième meilleure performance mondiale de l'année 2009 derrière son compatriote David Rudisha[5].
Alfred Yego monte sur la deuxième marche du podium des Championnats d'Afrique 2010 de Nairobi où il s'incline de près de deux secondes face à David Rudisha.