Harker naît à Kingston-upon-Hull, ses parents sont Portas Hewart Harker, marchand de grain, et Ellen Mary Harker. Il étudie d'abord à Hull où il assiste à des conférences donné par Jethro Teall en 1878. Il poursuit ses études à l'université de Cambridge En 1884 il devient démonstrateur en géologie à Cambridge sous la direction de Thomas McKenny Hughes, puis professeur assistant en 1904. Un poste de pétrologie est créé en 1918 qu'il occupe jusqu'en 1931. Après 1931 il travaille en tant que conservateur honoraire au Sedgwick Museum de Cambridge.
Il fait partie des géologues qui popularise l'utilisation de préparations en lamelles minces et de la microscopie en lumière polarisée pour l'étude pétrographiques des échantillons de roches.
Il écrit plusieurs livres influents, en particulier Petrology for Students, sept éditions qui sera traduit en français et The Natural History of Igneous Rocks.
Seward, A.C. and Tilley, C.E. (1940) Alfred Harker. 1859-1939, Obituary Notices of Fellows of the Royal Society 3(8): 196-216, notice nécrologique
Bragg, William (1939) Address of the President Sir William Bragg, O.M., at the Anniversary Meeting, 30 November 1939, Proceedings of the Royal Society of London, Series A, Mathematical and Physical Sciences 173(954):286-312 (Dec 18, 1939). Notice nécrologique p. 294–295.