Alain Dewerpe naît dans une famille de militants communistes. Il perd très tôt son père, André Dewerpe[2], qui meurt en 1954, deux ans après sa naissance ; il est victime d'une commotion cérébrale, conséquence de la répression de la manifestation contre la venue du général américain Ridgway, le . Sa mère, Fanny Dewerpe, est l’une des neuf victimes des violences policières du métro Charonne, le [3],[4]. Alain Dewerpe est élevé par ses deux grands-mères[5].
Membre de l’École française de Rome (1981-1984), il est membre de son conseil scientifique et préside la commission d’admission de ses membres de 2011 à 2014.
Directeur d’études à l’École des hautes études en sciences sociales (EHESS), il est un historien reconnu du monde industriel et des mouvements sociaux et politiques en Europe, notamment en France et en Italie.
L’Industrie aux champs : essai sur la proto-industrialisation en Italie septentrionale (1800-1880), École française de Rome, 1985. (ISBN978-2728300815)
La Fabrique des prolétaires : les ouvriers de la manufacture d'Oberkampf à Jouy-en-Josas, 1760-1815, avec Yves Gaulupeau, Presses de l'École normale supérieure, 1990. (ISBN978-2728801503)
Espion : une anthropologie historique du secret d’État contemporain, Gallimard, 1994. (ISBN978-2070737796)
Le Monde du travail en France (1800-1950), Armand Colin, 1998. (ISBN978-2200218171)
Histoire du travail, coll. Que sais-je ?, Presses universitaires de France, 2001. (ISBN978-2130519942)
Les mondes de l'industrie. L'Ansaldo, un capitalisme à l'italienne, Editions de l'EHESS, 2017 (ouvrage posthume dont l'édition a été établie par Jean Boutier, Patrick Fridenson, Daniel Nordman & Jacques Revel).