Sans grande difficultés, cette étape de plaine vallonnée en direction de l'est de la France traverse les départements de l'Indre, de la Nièvre et de l'Yonne et relie deux petites villes-étapes inédites. Le passage de deux côte de 4e catégorie au kilomètre 45,5 (côte d'Allogny à 4,5 % sur 1,5 km) et au kilomètre 150 (côte de Perreuse à 4,6 % sur 2 km) seront les seules petites difficultés du parcours qui semble réservé aux équipes de sprinteurs. Ces derniers devront se méfier du final en légère montée durant les 500 derniers mètres.
Johan Vansummeren (Silence-Lotto) et Marcin Sapa (Lampre-NGC) s'échappent après 24 km de course. Leur avance culmine à 4 minutes et 15 secondes au 41e km. Elle décroît à 2 minutes à 50 km de l'arrivée, puis à 47 secondes à 20 km. La poursuite du peloton est emmenée par l'équipe Columbia du sprinter Mark Cavendish. À 5 km de Saint-Farjeau, Sapa et Vansummeren sont repris après 160 km d'échappée. Ce dernier se voit attribuer le prix de la combativité.
En raison du final présentant une pente légère, quatre coureurs de Columbia emmènent Cavendish dans le dernier kilomètre, contre deux habituellement, pour le « déposer » à 150 m de l'arrivée. Il devance sur la ligne d'arrivée Tyler Farrar, qui obtient ainsi une troisième deuxième place d'étape, et Yauheni Hutarovich. Thor Hushovd est cinquième et cède le maillot vert à Cavendish. Il s'agit de la quatrième victoire d'étape de ce dernier sur le Tour 2009. Elle lui permet d'égaler le record britannique de victoires d'étapes sur le Tour détenu par Barry Hoban avec 8 succès[1],[2].
Sprints intermédiaires
1. Sprint intermédiaire de Quincy (kilomètre 26,5)
En , le Tribunal du Sport annule tous les résultats obtenus par Pellizotti sur ce Tour, en raison de données anormales constatées sur son passeport biologique[3].