En 1906, il est professeur adjoint du cours d'histoire militaire, de stratégie et de tactique générale à l'École supérieure de guerre. Il est promu lieutenant-colonel en juin 1907.
Après la guerre, le général Cordonnier retourne en France pour subir plusieurs opérations contre le cancer. Ne pouvant reprendre ses fonctions à cause de son état de santé, il arrête sa carrière et prend sa retraite. En 1921, il publie Une Brigade au feu ; Potins de Guerre, un hommage à la 87e brigade qu'il a commandée.
Il est élevé à la dignité de grand officier de la Légion d'honneur le .
Œuvres
Les Japonais en Mandchourie (The Japanese in Manchuria; vol. 1, 1904) at Google Books