Le Fatah détient 68 des 88 sièges. Toutefois, des divisions internes se font sentir dans le mouvement et de nouvelles personnalités ont émergé dans la « jeune garde » et s'élèvent contre la corruption du parti, tel que Marouane Barghouti mais il purge une peine de prison en Israël, étant condamné pour ses responsabilités au sein du tanzim et des Brigades des Martyrs d'Al Aqsa, structure armée proche du Fatah). Sa nouvelle faction, Al-Moustaqbal, doit initialement présenter Barghouti comme tête de liste. Des négociations entre les deux courants conduisent, le , à une liste unique avec Barghouti pour tête de liste, malgré les divergences profondes qui continuent de les opposer.
La vieille garde et Al-Moustaqbal se mobilisent au sein du Fatah. Leur réconciliation est vue par un grand nombre d'observateurs comme motivée par une peur de voir une victoire du mouvement islamiste Hamas qui est leur principal rival.
Une troisième liste se présente aux élections sous la tête de liste Moustafa Barghouti, lointain parent de Marouane Barghouti. Cette liste souhaite proposer une troisième voie à la majorité silencieuse palestinienne en ne favorisant « ni le fondamentalisme du Hamas, ni l'autocratie et la corruption du parti Fatah au pouvoir ».
Le programme de ce nouveau mouvement promet de lutter contre la corruption, demande le démantèlement de ce qui est appelé le mur de l'apartheid et se veut démocratique et indépendant.
Déroulement de la campagne
Le , certains dirigeants israéliens ont manifesté leur intention d'empêcher la tenue du scrutin à Jérusalem-Est qui, contrairement aux autres localités palestiniennes où le vote doit se dérouler, est sous contrôle civil et militaire israélien (l'annexion consécutive à la guerre des Six Jours de 1967 n'a jamais été reconnue par la majorité des gouvernements étrangers ni par les Palestiniens qui revendiquent la ville pour capitale d'un futur État).
Israël a précisé que son opposition à la tenue d'élections à Jérusalem n'était pas motivée par une question de souveraineté sur la ville (les Palestiniens de Jérusalem avaient pu voter en 1996) mais par une inquiétude face à la participation du Hamas (et potentiellement par sa victoire) aux élections. Les dirigeants palestiniens ont répliqué que les élections ne se tiendraient pas sans une participation des Palestiniens de Jérusalem-Est[2].
Fin de la trêve
Le Jihad islamique et plusieurs factions armées liées au Fatah, comme les brigades des martyrs d'Al-Aqsa, ont déclaré le , à quelques heures de l'expiration de la trêve des attaques contre Israël négociée en mars au Caire, qu'ils ne la reconduiraient pas forcément en 2006.
Quelques jours plus tard, le Hamas déclare également la fin de la trêve.
Résultats
D'après la Commission électorale centrale, un premier taux de participation est annoncé à près de 77,6 % des 1,35 million d'électeurs inscrits. Chaque électeur a l'index de la main gauche, enduit d'encre, indélébile afin d'empêcher les votes multiples.
La mission d'observation des élections mandatée par l'Union européenne déclare que le scrutin s'est déroulé en toute régularité. Elle n'en reconnait cependant pas les résultats du fait de la victoire du Hamas, qualifié de terroriste par l’UE[3].
En , le journal américain Vanity Fair publie des documents qui prouvent que les États-Unis ont tenté d'évincer le Hamas après sa victoire aux élections, en armant une force palestinienne menée par des partisans du Fatah et dirigée par Mohammed Dahlan[4],[5].
Résultats des élections législatives palestiniennes de 2006