Entre juin 1999 et la mi-2002, l'église fut gardée par les soldats de la KFOR.
Le , l'église fut endommagée par des musulmans albanais lors des émeutes de 2004 au Kosovo. Un groupe d'experts, désigné par le Conseil de l'Europe visita l'église à plusieurs reprises pour constater les dégâts. Elle a été l'objet de nombreux pillages (le toit en plomb qui couvre l'édifice a été plusieurs fois volé).
Le , l'église de la Vierge de Leviša a été inscrite sur la liste du patrimoine mondial de l’UNESCO lors d'une extension du site protégé du monastère de Visoki Dečani ; et, avec Dečani et d'autres monuments du Kosovo, elle a été placée sur la liste du patrimoine mondial en péril[3]. L'Union Européenne a classé les monastères orthodoxes Serbes du Kosovo, parmi les cinq plus importants lieux saints du bassin méditerranéen[2].
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