L’église est une croix latine, avec large nef centrale et bas-côtés surmontés de tribunes. Le transept est quasi inexistant. L’abside est accompagnée, à gauche et à droite, de deux chapelles absidioles en parallèle. L’aspect ‘roman’ de l’édifice est accentué par l’étroitesse des fenêtres et le choix de la pierre mosane de construction.
Les 16 vitraux des fenêtres basses illustrent des scènes d’évangiles reprises par saint Ignace de Loyola dans ses Exercices Spirituels. Dans le chœur un vitrail de la Trinité (également une méditation favorite de saint Ignace) avec saint Michel (patron du collège) et saint Jean Berchmans (patron titulaire de l’église).
Les quatorze stations du chemin de croix sur les murs latéraux, de part et d’autre de chaque confessionnal, sont des peintures à l’huile sur panneaux de bois de l’artiste Ernest Wante. Cet artiste a aussi réalisé le beau chemin de croix de l'église Église Saint-Joseph (Bruxelles), dans le même style orientaliste (mais sur des panneaux plus grands).
Sur les tympans des grandes portes du transept, à gauche et à droite se trouvent deux grandes toiles. Sur le tympan de gauche : la première communion de saint Louis de Gonzague. Sur celui de droite : saint Jean Berchmans en pèlerinage à Montaigu, un sanctuaire marial de sa région natale de Diest.
Les orgues sont de la facture d’Émile Kerkhoff. Inaugurée par un récital de Charles-Marie Widor en 1910, elles ont trois claviers et comptent 36 jeux.
Activités
L’église Saint-Jean-Berchmans fut pendant de nombreuses années d’abord et avant tout au service du collège Saint-Michel. Les activités religieuses, messes quotidiennes, cérémonies de Première communions et confirmation, ordination sacerdotales, étaient organisées pour les élèves. Depuis le concile Vatican II, et avec la réforme liturgique, elle a varié les services pastoraux offerts à une population adulte, même si elle n’est pas paroisse : groupes de prière, liturgies pour groupes particuliers (Communauté de l'Arche, « Messe qui prend son temps », etc.), concerts religieux, expositions, etc. Même si elle est encore connue familièrement comme l'église du collège l’église Saint-Jean-Berchmans est aujourd’hui gérée de manière indépendante et ne dépend plus du collège Saint-Michel.
Thomas Coomans, L'église, au cœur d'un projet pédagogique et identitaire jésuite, dans Bernard Stenuit(dir.), Les Collèges jésuites de Bruxelles. Histoire et pédagogie (1604, 1835, 1905, 2005), Bruxelles: éditions Lessius, 2005, p. 399-430.
Eugène Dhuicque, "La nouvelle église du Collège Saint-Michel, à Bruxelles", dans Chronique des Travaux publics, 32/66, , p. 3781-3783.
Eugène Dhuicque, "Institut Saint-Michel à Bruxelles", dans L'Émulation (Société Centrale d'Architecture de Belgique), 37, 1912, p. 5-7 et planches 1-5.
Claude Vandevyver, "L'orgue Kerkhoff", dans Bernard Stenuit (dir.), Les Collèges jésuites de Bruxelles. Histoire et pédagogie (1604, 1835, 1905, 2005), Bruxelles: éditions Lessius, 2005, p. 431-438.