L’édifice actuel a été construit récemment au XXe siècle (1955), mais il est situé sur un site très ancien, comme l'ont prouvé les fouilles archéologiques menées lors de la construction avec la découverte d'une tombe cananéenne et d'une nécropole utilisée entre 136 av. J.-C. et 300 ap. J.-C. Ce lieu est censé être celui où Jésus, lorsqu’il revient à Jérusalem avec ses disciples, pleure en entrant dans la ville[1]. Ainsi, la locution latineDominus flevit se traduit par « le Seigneur a pleuré ».
Ce site se situe sur le trajet des processions allant du mont des Oliviers jusqu’au Saint-Sépulcre. Un monastère s’est établi très tôt dès le Ve siècle[2]. Après le siège de Jérusalem de 1187, l’église fut abandonnée, puis une mosquée construite sur ses ruines au XVIe siècle.
À partir de 1891, les franciscains veulent rebâtir l’église et commencent par construire une petite chapelle auprès du site. En 1953, l’architecte Antonio Barluzzi, à qui on doit d’autres édifices comme l’église de Toutes-les-Nations à Gethsémani, construit le nouvel édifice, pendant que des fouilles archéologiques sont menées.