En Algérie depuis le , il est promu lieutenant le . Il fait de nombreuses expéditions dans la province d'Oran et celle du Maroc en 1844, terminée par la bataille d'Isly. Il est fait chevalier de la Légion d'honneur en octobre 1842 puis promu capitaine le . Il obtient de passer avec son grade au 2e bataillon de tirailleurs indigènes d'Oran, le puis est promu chef de bataillon quelques mois plus tard. Le , il est promu officier de la Légion d'honneur puis lieutenant-colonel au 75e de ligne le .
Colonel le , il fait en 1854 l'expédition du Sebaou, dans laquelle il est blessé d'un coup de feu à la tête, le 20 juin, entre le village de Taourirt et la Djemma-si-Saïd. Il exécute la retraite, après s'être rendu maître de tous les villages des Ath Menguelet, quand les Kabyles s'élancent de toutes parts, gravissent avec autant d'ardeur que d'agilité la crête, à mesure que les troupes françaises s'en retirent, et, profitant des moindres obstacles que leur offre le terrain, dirigent un feu des plus vifs contre les derniers échelons français. C'est dans un de ces engagements que le colonel Deligny est gravement blessé à la tête. Il est sur le point de tomber aux mains des Kabyles quand les soldats qui sont auprès de lui parviennent à le sauver.
Cité à l'ordre de l'armée du 13 août 1854 et dans le rapport relatif à la lutte contre les Kabyles du Djurdjura, il est nommé, le 29 juillet, commandeur de la Légion d'honneur en récompense de sa belle conduite.
Général de brigade le , il est mis à la disposition du gouverneur de l'Algérie, qui le charge de la réorganisation du cercle de Tizi-Ouzou. Le général Deligny, qui connait parfaitement les Kabyles, leurs passions, leurs faiblesses, mais aussi leurs qualités, vient de Dellys à Tizi-Ouzou surveiller la réorganisation du cercle. En peu de temps il rétablit le calme ou tout au moins une tranquillité relative dans la vallée. Le statu quo est maintenu en Kabylie, grâce à lui, jusqu'à l'année suivante.
En septembre 1856, le général Deligny contribue à la soumission de la confédération des Guetchoulas. Le village de Djemma, adossé aux derniers contreforts du Djurdjura, entouré sur les deux autres côtés de profonds ravins, n'est abordable que sur une de ses faces : c'est là que les Kabyles ont résolu de se défendre. Pour s'en emparer, il dirige contre l'ennemi une attaque en règle. Quatre bataillons sous les ordres du général Deligny abordent la hauteur en deux colonnes, mais ne s'en rendent maîtres qu'après un combat acharné qui font un assez grand nombre de tués et de blessés.
Deligny participe en 1857 à l'expédition de la Grande Kabylie, du maréchal Randon. Le 11 juillet, au combat livré sur la crête escarpée des Illiten, il est grièvement blessé d'une balle dans le haut de la poitrine.
Mis à l'ordre du corps, il est appelé en France en 1859, après 19 années passées sans interruption en Algérie. Huit mois plus tard le , il revient en Algérie.
Il est brièvement député d'Indre-et-Loire en 1871.
Commandant de corps d'armée (1873-1879)
Il prend ensuite le commandement du 4e corps d'armée qu'il fonde au Mans en 1873. Il semble être mêlé au complot militaire présumé de 1877, qui prévoit la prise du pouvoir par les militaires pour réinstaurer la monarchie ; en tout cas, son ralliement à la République semble trop tiède pour certains.
Placé au cadre de réserve le , le général Deligny prend sa retraite le .
Il meurt dans sa propriété de la Goupillière en 1902 à Ballan.
Pour ses obsèques, le général Deligny, grand-croix de la Légion d'honneur, refuse les honneurs militaires auxquels il a droit en raison de son commandement en chef lors des combats. Il demande simplement à être transporté à sa tombe par les pompiers de Ballan pour ne pas perturber les troupes de Tours.
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