Walter Cygnaeus (31. toukokuuta 1856 Pietari – 22. heinäkuuta 1930 Kuopio) oli suomalainen ylilääkäri ja professori.^[1]

Cygnaeuksen vanhemmat olivat ylitarkastaja Uno Cygnaeus ja Anna Charlotta Axiane Diederichs. Hän pääsi ylioppilaaksi 1876 Helsingin ruotsalaisen normaalilyseon suomenkieliseltä osastolta ja valmistui Helsingin yliopistosta filosofian kandidaatiksi 1881, filosofian maisteriksi 1882, lääketieteen kandidaatiksi 1885 sekä lääketieteen lisensiaatiksi ja tohtoriksi 1890.^[1]

Cygnaeus toimi lääninsairaalan ylilääkärinä Kuopiossa 1896–1926. Hän sai ylimääräisen professorin arvon 1906.^[1]

Walter Cygnaeus testamenttasi suurimman osan omaisuudestaan Helsingin yliopiston lääketieteelliselle tiedekunnalle omaa nimeään kantaneelle syöpätautien vastustamisrahastolle. Hän lahjoitti isältään perimänsä muistoesineet Jyväskylän Cygnaeus-museolle.^[2]

Maanviljelysneuvos ja Suomen Eläinvakuutusyhtiön toimitusjohtaja Johannes Cygnaeus (1858–1914) oli Walter Cygnaeuksen veli.^[3]

• Studier öfver Typhusbacillen; Helsingin yliopiston väitöskirja. Helsingfors 1889, Acta Societatis scientiarum Fennicae Tomus XVIII. Societas scientiarum Fennicae, Helsingfors 1891

• Walter Cygnaeuksen syntymäpäivät?, valokuva 1920-luvun lopulta, Museovirasto, Historian kuvakokoelma
• Kysymyksiä - Frågor, Genos 2(1931), s. 38-39^{[vanhentunut linkki]}