Johan Jacob (Johannes, Hannes) Cygnaeus (29. toukokuuta 1858 Pietari – 16. maaliskuuta 1914 Helsinki) oli suomalainen maanviljelyskemisti ja järjestö- ja yritysjohtaja, joka sai maanviljelysneuvoksen arvonimen.^[1]

Cygnaeuksen vanhemmat olivat kansakoulujen ylitarkastaja Uno Cygnaeus ja Anna Charlotta Axianne Diederichs ja puoliso 1900–1913 Naema Alexandra Idman, Hatanpään kartanon omistajan Carl Gustaf Idmanin tytär. Professori Walter Cygnaeus oli hänen veljensä. Johannes Cygnaeus tuli ylioppilaaksi vuonna 1877, valmistui filosofian kandidaatiksi vuonna 1882 ja opiskeli vielä maanviljelyskemiaa Saksassa. Filosofian maisteriksi hän tuli vuonna 1886. Valmistuttuaan Cygnaeus työskenteli Helsingin yliopiston kemian laboratoriossa 1887–1888 ja Kuopion läänin maanviljelysseuran palveluksessa laboratorion johtajana 1889–1892. Maanviljelijäin keskusosuuskunta Laborin toimitusjohtajaksi Cygnaeus tuli kesällä 1899, toimittuaan sitä ennen rehu- ja lannoiteyritys Agroksen Pietarin konttorin johtajana vuodesta 1892. Cygnaeuksen toimitusjohtaja-aikana keskusosuuskunnan jäsenmäärä kasvoi huomattavasti ja sille perustettiin haarakonttorit Vaasaan ja Turkuun. Hänen työnsä kuitenkin keskeytyi varhaiseen kuolemaan keväällä 1914. Maanviljelysneuvoksen arvonimen Cygnaeus sai vuonna 1907. Cygnaeus oli myös Suomen Eläinvakuutusyhtiön toimitusjohtaja vuodesta 1901.^[1][2][3]