Retkikunta tutki Väli-Amerikan pohjoisrannikkoa, mutta miesvähyyden vuoksi retkikunnan oli pakko purjehtia Hispaniolan saarelle, jossa oli espanjalainen siirtokunta.
Hispaniolassa Balboa ryhtyi maanviljelijäksi, mutta velkaantui yhdeksän vuoden aikana. Hänen oli pakko paeta velkojiaan. Balboa piiloutui tynnyriin San Sebastiánissa Urabánin lahdella purjehtivaan laivaan. Laivan kapteeni Martín Fernández de Encison aikomus oli heittää Balboa laidan yli, mutta hän luopui ajatuksesta, kun miehistö uhkasi kapinalla.
Matkan aikana retkikunta tapasi Francisco Pizarron (nykyisen Perun valloittaja), joka johti San Sebastiánin siirtokuntaa. Pizarro kertoi, että paikalliset intiaanit olivat murhanneet melkein kaikki siirtokunnan asukkaat. Enciso päätti silti asettua San Sebastiánin siirtokuntaan. Laiva kuitenkin purjehti karille, Pizarro pelasti miehistön, mutta kaikki muona ja eläimet hukkuivat mereen.
San Sebastiánin siirtokunta oli poltettu, kun Balboa saapui sinne. Miehistön jäseneksi liittynyt Balboa ehdotti Dariéniin (nykyiseen Panaman valtion alueelle) perustettavaksi siirtokuntaa. Retkikunta voitti paikalliset intiaanit. Balboa ja muut siirtokuntalaiset hyljeksivät Encison ja Diego de Nicuesan herruutta. Espanjan kuningas Ferdinand oli nimittänyt Diego de Nicuesan Dariénin kuvernööriksi.
Balboasta tuli siirtokunnan tosiasiallinen johtaja. Hän päätti kuka sai asua siirtokunnassa, ja vihollisensa hän surmasi tai ajoi pois. Balboa kuuli tarinoita suuresta merestä vuorten toisella puolella ja suuresta valtakunnasta nimeltään Birú (myöhemmin nimetty Perúksi). Kun hän kuuli, että kuningas oli lähettänyt määräyksen Balboan pidättämiseksi, hän päätti toimia nopeasti.
Vaikka Balboa ei vastustanut Arias de Ávilaa julkisesti, heillä oli jyrkkiä erimielisyyksiä. Arias de Ávilan asema huononi koska Balboa oli suositumpi kun hän. Tämä erimielisyys umpeutui kun Balboa lupasi mennä Ávilan tyttären, Doña María, kanssa naimisiin. Tytär asui Espanjassa. Doña Marían äiti oli lähtenyt hakemaan tätä.
Samaan aikaan, kun Doña Marían äiti oli hakemassa tätä, Balboa lähti uudelleen hakemaan Panaman kannakselta orjia. Hän purjehti etelään, mutta joutui myrskyyn. Kun Balboaa ei kuulunut takaisin, Arias de Ávila oli sitä mieltä, että Balboa oli päättänyt mennä perustamaan omaa siirtokuntaa.
Näihin aikoihin Espanjan kuningas päätti erottaa Arias de Ávilan virasta. Uusi kuvernööri Pedro de Lugon lähetettiin hoitamaan virkaa. Balboa matkusti Aclaan, jossa hänen piti tavata uusi kuvernööri.
Francisco Pizarro, jonka Arias de Ávila oli lähettänyt Balboan perään, sai tämän kiinni viidakossa. Balboa tuomittiin maanpetoksesta, ja hänelle lankesi kuolemantuomio. Balboa teloitettiin 21. tammikuuta1519Aclassa, lähellä Dariénia.lähde?