Vuodesta 1805 kartano kuului Linnaisten kartanon omistaneelle Hans Henrik Stjernvallille, joka myi kartanon edelleen 1810 Henrik Johan Sohlbergille. Sohlberg rakennutti luultavasti 1830-luvulla kartanon nykyisen päärakennuksen. Kartano oli sitten eri omistajien hallussa. Emil Penzin omisti sen 1891–1903 ja Feodor Arsenjevits Terichoff 1903-1909. Terichoffin aikana kartanossa oli vuonna 1906 torpparilakko, joka johti useisiin torppareiden häätöihin. Nämä häädöt kumottiin kuitenkin syksyllä 1909 hovioikeuden päätöksellä. Terichoff myi kartanon puutavarayhtiö Aug. Eklöfille.
Sälinkään kartanoon kuului yli sata torppaa. Jo 1910-luvulla kymmenen torppaa myytiin itsenäisiksi pientiloiksi ja vuonna 1914 valtio osti 44 tilaa tilattoman väestön lainarahaston varoilla. Nämä tilat luovutettiin aluksi vuokratiloiksi, mutta vuonna 1927 vuokraajat saivat ostaa ne omakseen. Torppien itsenäistymisen jälkeen kartanoon jäi vielä 2 032 hehtaaria maata.
Vuoden 1940 pika-asutuslain ja vuoden 1945 maanhankintalain seurauksena lähes kaikki kartanon maat luovutettiin siirtoväen ja rintamamiesten asuttamiseen. Kartanon päärakennus puistoineen siirtyi Mäntsälän kunnalle ja sinne sijoitettiin Karjalasta evakkoon joutunut Uudenkirkonlastenkoti, joka muutettiin vuonna 1946 Mäntsälän lastenkodiksi. Lastenkoti toimi kartanon tiloissa vuoteen 1976 saakka. Vuonna 1978 Mäntsälän kunta luovutti kartanon Sälinkään kyläläisten perustaman Sälinkään kartanoseura ry:n käyttöön 50 vuoden ajaksi yhden markan vuosivuokralla.
Kartanossa toimii nykyisin 150-paikkainen kartanoravintola ja siellä järjestetään myös kokouksia ja juhlatilaisuuksia sekä erilaisia tapahtumia kuten jokasyksyiset Torpparihulinat-markkinat. Kartanon pihalla sijaitsee 1983 pystytetty torpparimuistomerkki, johon on koottu kiviä 124 kartanon entisen kartanon torpan pihamailta.
