Swoopes solmi sopimuksen WNBA-joukkue Houston Cometsin kanssa sarjan perustamisvuonna 1997. Hän synnytti lapsensa samana vuonna ja pelasi Cometsissa kauden viimeisen kolmanneksen, jolloin hän johdatti joukkueen sarjan mestaruuteen. Hän pelasi joukkueessa yksitoista kautta (1997–2007), voitti WNBA:n mestaruuden neljä kertaa (1997–2000) ja valittiin sarjan arvokkaimmaksi pelaajaksi kolme kertaa (2000, 2002, 2005) sekä arvokkaimmaksi puolustuspelaajaksi kolme kertaa (2000, 2002, 2003). Kaudeksi 2008 Swoopes siirtyi Seattle Stormiin.