Seura kuului MLS-liigan alkuperäisiin joukkueisiin vuodesta 1995 nimellä San Jose Clash. Ensimmäisessä ottelussaan se voitti D.C. Unitedin 1–0. Kaudeksi 2000 seura otti nimeksi San Jose Earthquakes. Se voitti MLS:n mestaruuden (MLS Cup) vuosina 2001 ja 2003, mutta kauden 2005 jälkeen, 15. joulukuuta, seuran omistaja Anschutz Entertainment Group ilmoitti siirtävänsä seuraa HoustoniinTeksasin osavaltioon seuraavaksi kaudeksi. Syynä oli uuden, ainoastaan jalkapallolle tarkoitetun, stadionin rakennushankkeen kaatuminen.
Toiminta, mukaan lukien pelaajat ja päävalmentaja Dominic Kinnear, siirrettiin Houstoniin, mutta MLS päätti että nimi Earthquakes sekä joukkueen värit ja logot sekä sen historia ja tulokset jäävät San Joséhen. Uuden seuran nimeksi otettiin ensin Houston 1836, myöhemmin Houston Dynamo.
18. heinäkuuta 2007 ilmoitettiin että San Jose Earthquakes palaa liigaan kaudeksi 2008.
