Yhdysvaltain presidentti George W. Bush esitti häntä Maailmanpankin uudeksi pääjohtajaksiPaul Wolfowitzin tilalle[2], joka joutui eroamaan tehtävistään 30. kesäkuuta 2007. Zoellick valittiin pääjohtajaksi viisivuotiselle kaudelle,[3] eikä hän enää jatka kauden päätyttyä 30. kesäkuuta 2012.[4] Tällä hetkellä Zoellick työskentelee investointipankki Goldman Sachsin kansainvälisen kaupan varapuheenjohtajana.[5] Hän on vannoutunut vapaakaupan kannattaja.[2]