Muller oli aluksi Yhdysvaltojen tunnetuimpia ilmastoskeptikkoja eikä ollut vakuuttunut ilmaston lämpenemisestä. Hän on saanut tutkimuksilleen rahoitusta skeptikkolähteistä. Kaksivuotisten tutkimusten tulokset kuitenkin osoittivat hänellekin, että ilmasto on todella lämpenemässä. Hän esitteli alustavia tuloksia keväällä 2011,[1] ja lopullisen raportin hän esitteli lokakuussa 2011[2].
Muller on 2010-luvulla osallistunut useisiin hankkeisiin, kuten supernovailmiötä selvittäneeseen Supernova Cosmology Projectiin, myrskyjen ja tornadojen ennustamiseen sekä liuskekaasun ympäristövaikutuksiin.
