Farnerud aloitti ammattilaisena Landskrona BoISin joukkueessa, jossa hän sai paljon peliaikaa ja antoi hyviä näyttöjä maalintekotaidoistaan tehtyään neljätoista maalia kahden kauden aikana. Kahden vuoden kuluttua Farnerud liittyi AS Monacon joukkueeseen, jonka riveissä hän voitti Ranskan mestaruuden kaudella 2000. Seuraavaksi kaudeksi Farnerud siirtyi RC Strasbourgin riveihin, josta hän kuitenkin palasi jo seuraavalla kaudella Monacoon ja jälleen vuotta myöhemmin Strasbourgiin. Kaudeksi 2006 hän teki sopimuksen portugalilaisseuraSporting CP:n kanssa ja saavutti seuraavalla kaudella Portugalin cupin ja supercupin voitot.