Perkloraattien valmistuksessa räjähdysvaara on suuri. Jo pienet määrät epäpuhtauksia voivat katalysoida aineen hallitsematonta hajoamista kloridiksi ja happikaasuksi, mistä voi seurata räjähdys. Myös perkloraattisuolat itsessään ovat erittäin herkästi räjähtäviä, joten niitä täytyy käsitellä erityisen varovasti.[1]
Paitsi hapettavuutensa vuoksi, perkloraatti aiheuttaa ihmiselle vaaraa myös siksi, koska sen on havaittu olevan kilpirauhasmyrkky.[3] Kemikaali saattaa häiritä kilpirauhasen kykyä imeä jodia ja muuttaa se hormoneiksi, mikä puolestaan voi johtaa lapsilla kehityshäiriöihin.[4]