Blobel otti osaa ensimmäiseen maailmansotaan ja saavutti ansiostaan ensimmäisen luokan rautaristin. Sodan jälkeen hän opiskeli arkkitehtuuria ja työskenteli ammatissa vuoteen 1931, jolloin hänet erotettiin. Tämän jälkeen Blobel liittyi natsipuolueeseen ja SS:ään.
Saksan hyökättyä Neuvostoliittoon Blobel komensi Einsatzgruppe C:n Sonderkommando 4a:ta, joka toimi Ukrainassa. Blobelin joukkio syyllistyi Kiovan juutalaisten joukkomurhaan Babi Jarin rotkossa.[1] Hänet vapautettiin palveluksesta alkoholismin vuoksi tammikuussa 1942. Heinäkuusta 1942 vuoteen 1945 hän työskenteli niin sanotun Aktion 1005:n johdossa tehtävänään polttaa kaikki miehitettyjen alueiden joukkohautojen ruumiit niin, ettei uhrien lukumäärää pystyttäisi koskaan selvittämään. Tämä työ tehtiin rautatiekiskoista rakennetuissa kehikoissa, joissa polttopuina käytettiin bensiinillä kasteltuja ratapölkkyjä.
Blobel tuomittiin kuolemaan Nürnbergin prosessiin kuuluneessa Einsatzgruppen-oikeudenkäynnissä. Hänet teloitettiin hirttämällä Landsbergin vankilassa 7. kesäkuuta 1951.
