Nykyisin hänet tunnetaan kriittisestä suhtautumisesta Greenpeaceen. Patrick Moore on eronnut Greenpeacesta, jolla ei hänen mukaansa ole enää mitään tekemistä luonnonsuojelun kanssa. Myöhemmin hän on perustanut Greenspirit-järjestön, joka suhtautuu muun muassa ydinvoimaan myönteisesti, toisin kuin Greenpeace. Moore perusteli 16. huhtikuuta 2006 The Washington Post -lehdessä kannanmuutostaan. Hänen mukaansa ydinenergia on ainoa laajamittainen ja kustannustehokas energiamuoto, jota voidaan käyttää torjumaan maapallon kannalta katastrofaalinen ilmastonmuutos.[4] Toisaalta Moore on myös sanonut ilmastonmuutoksen olevan hyvä asia, mitä tulee ihmisten hyvinvointiin[5].
