Num3roiden 3. tuotantokausi käynnistyi Yhdysvalloissa 22. syyskuuta 2006 kaksiosaisella erikoisjaksolla "Spree", jonka jatko-osa "Two Daughters" esitettiin 29. päivä. Kausi päättyi 18. toukokuuta 2007 esitettyyn jaksoon "The Janus List".

Kauden alussa Megan joutuu kidnapatuksi.^[1] Charlien ja Amitan suhde etenee, kuten myös Meganin ja Larryn. Don alkaa tapailemaan vanhaa opiskelijaansa Liz Warneria.^[2]

Kauden edetessä Larry pääsee toteuttamaan unelmansa astronauttina ja Don joutuu psykologille johtuen joukkosurmaepäillyistä.

Kolmannen tuotantokauden esitys Suomessa aloitettiin Sub-kanavalla loppuvuodesta 2009. Tuotantokausi oli jo aiemmin julkaistu kuuden levyn DVD:nä.

Don saa hoitaakseen jutun, jossa 30-vuotias opettaja Crystal Houle ja 17-vuotias poika lähtevät yhteiselle tapporetkelle saapuen Los Angelesiin. Charlien ja Amitan seurustelusuhde jatkuu Amitan ilmoittaessa jäävänsä CalScihin ja Alan aikoo muuttaa omaan asuntoon. Megan joutuu panttivangiksi.

Jatko-osa jaksoon Spree. Donin pitää löytää Crystal ja pelastaa Megan. Alan päättääkin jäädä asumaan Charlien luo keskusteltuaan Donin kanssa.

22 miljoonan dollarin arvoinen taulu varastetaan museosta ja ryöstö johtaa useisiin murhiin.

Kiinan konsultin tulkin murha johtaa Donin tiimin oikeusministeriössä olevan solun jäljille. Colby pimittää tietoa Donilta pelastaakseen vanhan armeijakaverinsa uran. Charlie on pettynyt, kun Larry ei pyytänyt häneltä apua artikkelinsa julkaisuun.

Sarja moottoritiehyökkäyksiä panee Donin tiimin ratkomaan sattuman ongelmia.

Donin tiimi tutkii murhaa, jossa hevoskisojen voittajia ennustanut mies murhataan. Liz Warner saapuu kaupunkiin ja hänen sekä Donin jutut risteävät.

Sarja voima-asemia tuhotaan kaupungissa ja Donin pitää selvittää tiiminsä kanssa mikä niiden takana olevien henkilöiden motiivi on.

Baseballammattilainen kuolee saatuaan yliannostuksen steroideja.

Vaarallisia kemikaaleja sisältävät säiliöt aiheuttavat asfaltin lohkeamisen ja naisen kuoleman. Alan alkaa seurustella Charlien uuden työnantajan Mildred Finchin kanssa.

Kalifornian senaattori sekä psykologi murhataan. Kummassakin tapauksessa tekijä tekee itsemurhan heti ampumisen jälkeen. Don törmää tutkimuksissa valtion vanhaan kokeiluun, jossa ihmisiä aivopestään murhaamaan.

Murhaaja houkuttelee chathuoneiden avulla pedofiilejä myynnissä oleviin taloihin ja murhaa heidät väkivaltaisesti. Larry valmistautuu matkaansa avaruuteen.

Don etsii tiiminsä kanssa FBI:n kymmenen etsityimmän henkilön listalla olevaa kulttijohtajaa.

Kesken purjehduskisaa uponnut alus houkuttelee alueelle useita sitä etsiviä sukeltajia. Donin tulee löytää alus saadakseen ratkaistua erään sitä etsineen sukeltajan murha. Charlie joutuu vaikeaan tilanteeseen miettiessään, auttaako hän NSA:ta vai Donia.

Kun kaksi poliisia murhataan ravintolaryöstöjen sarjassa, Don laittaa Charlien ennustamaan heidän seuraavan kohteensa.

17 vuotta sitten kadonneen poliisin virkamerkin löytyminen johtaa tutkinnan käynnistämiseen uudelleen.

Yksi Davidin vanhoista ystävistä kutsuu hänet apuun tapauksessa, jossa häntä syytetään harjoitusvastustajansa murhaamisesta. Charlie puolustaa Larryn titteliä pokeriturnauksessa.

Donin ollessa psykologinsa luona entisen jengipomon poika kidnapataan ja tekijät vaativat miljoonalunnaita maksettavaksi tunnin sisällä.

Usean tuleviin vaaleihin liittyvän ihmisen murhat lavastetaan onnettomuuksiksi ja Donin pitää etsiä tekijät ennen kuin he iskevät uudestaan.

Lentokone syöksyy maahan keskellä metsää ja paikalle ensimmäisenä saapunut metsänvartija ammutaan.

Elinkautiseen vankeuteen tuomitun kirjepommittajan suunnittelemia pommeja käytetään uudessa pommi-iskujen sarjassa. Kaikki merkit viittaavat edellisen tekijän opettaneeseen professoriin.

Kuolemaan tuomittu mies suostuu kertomaan vanhojen murhien ruumiideen kätköpaikkoja, jos hän saa tavata tyttärensä. Larry palaa takaisin maan pinnalle.

Terroristit aikovat tehdä terrori-iskun Los Angelesiin.

50 miljoonan dollarin arvoinen lääkelasti ryöstetään ja FBI:n on löydettävä tekijät ennen kuin he poistuvat kaupungista. Tutkintaa häiritsevät kuitenkin parivaljakko, joka haluaa löytää rekan ennen Donia.

Mies uhkaa räjäyttää sillan jos Charlie ei vastaa jokaiseen hänen kysymykseensä oikein. Mies jää henkiin, mutta hänet on myrkytetty ja hän kuolee pian. Charlie alkaa kuitenkin miettimään tapausta enemmän ja sen takaa paljastuu paljon enemmän.

^[3][4]